Sau thảm họa hỏa công tại Vạn Kiếp đã biến doanh trại thành biển lửa địa ngục, và nỗi ám ảnh của tình trạng thiếu lương thảo trầm trọng đang gặm nhấm từng tấc thịt, từng thớ gân, một kẻ thù vô hình khác lại tiếp tục gặm nhấm quân Nguyên Mông, âm thầm và tàn bạo hơn cả lưỡi kiếm: bệnh tật. Tướng Sĩ Đau Bệnh đã trở thành một gánh nặng khủng khiếp, một bóng ma tử thần vô hình, đẩy đạo quân xâm lược đến bờ vực của sự sụp đổ hoàn toàn, biến kiêu hãnh thành nhục nhã, sức mạnh thành suy nhược.
Hàng vạn binh lính Nguyên đã bị bỏng từ trận hỏa công khủng khiếp đêm trước. Vết bỏng rát, mưng mủ khắp cơ thể, từ những vết loang lổ trên da đến những mảng cháy đen sâu vào tận xương thịt. Mỗi cử động nhỏ đều kéo theo một cơn đau thấu xương, cảm giác như da thịt bị xé toạc, bị rang trên lửa. Không có thuốc men hay nước sạch để rửa, những vết bỏng ấy nhanh chóng chuyển từ màu đỏ tấy sang xanh tái, rồi tím đen, bốc mùi hôi thối nồng nặc của thịt thối rữa và mủ, thu hút từng đàn ruồi nhặng vo ve "vù vù!" bám đen kịt. Nhiều kẻ bị thương nặng do giẫm đạp trong lúc hoảng loạn, tiếng xương gãy "rắc! rắc!" vẫn còn ám ảnh trong tâm trí. Có người gãy xương chân, lê lết từng bước, máu và mủ chảy ra từ vết thương hở, tiếng rên rỉ yếu ớt "ư... ư...!". Có người trật khớp vai, cánh tay bất động, sưng vù, tím bầm. Những vết thương ấy, trong điều kiện vệ sinh kém đến mức kinh khủng, nước uống nhiễm bẩn và thiếu thốn y tế hoàn toàn, nhanh chóng bị nhiễm trùng, biến thành những vết loét kinh khủng, ăn sâu vào da thịt, gây sốt cao "hầm hập!", mê sảng và suy kiệt toàn thân. Tiếng rên rỉ, tiếng ho khan "khụ khụ!" xé họng, tiếng nấc nghẹn ngào, tiếng nôn mửa "ọe! ọe!" vì kiết lỵ, tất cả hòa quyện thành một bản giao hưởng ghê rợn của sự đau đớn và tuyệt vọng.
Không chỉ có vết thương và bỏng, binh lính Nguyên Mông còn bị bệnh do thiếu lương thực trầm trọng. Cơ thể suy nhược vì đói kém, vì cơn cồn cào gặm nhấm dạ dày không ngừng, khiến sức đề kháng của chúng giảm sút đến mức không thể tin nổi. Các bệnh dịch như kiết lỵ, tả, sốt rét lan truyền nhanh chóng trong quân doanh tàn tạ, biến những người lính khỏe mạnh thành những cái bóng vật vờ, gầy gò, xanh xao chỉ trong vài ngày. Cảm giác ớn lạnh từng cơn, rồi lại nóng bừng bừng như thiêu đốt, cơn đau bụng quặn thắt, tiêu chảy không kiểm soát, khiến cơ thể mất nước nhanh chóng. Tiếng "xì xì!" của tiêu chảy, mùi hôi thối xộc lên mũi, khiến không khí càng thêm ngột ngạt. Bệnh tật không chừa một ai, từ binh lính cấp thấp nằm la liệt trên đất lạnh, đến cả những tướng lĩnh cao cấp đang vật lộn trong những chiếc lều tạm bợ.
Khí hậu khắc nghiệt của Đại Việt cũng góp phần không nhỏ vào tình trạng này. Khác với thảo nguyên khô cằn, gió lộng của quê hương, Đại Việt có khí hậu nhiệt đới ẩm ướt, mưa nhiều, rừng rậm rạp, là môi trường lý tưởng cho các loại côn trùng mang bệnh và dịch bệnh bùng phát. Quân Nguyên Mông không quen với khí hậu này, và cơ thể chúng không đủ sức chống chọi. Cảm giác ẩm ướt khó chịu của không khí, sự lạnh lẽo của sương đêm và mưa phùn, sự nóng bức của ban ngày, tất cả đều hành hạ thể xác vốn đã suy yếu.
Tất cả những yếu tố đó đã gây suy yếu lực lượng của quân Nguyên Mông một cách trầm trọng, đến mức báo động đỏ. Hàng ngàn, hàng vạn binh lính ngã xuống không phải vì mũi kiếm của quân Đại Việt, mà vì bệnh tật quỷ quái, vì cái đói gặm nhấm nội tạng, vì những vết thương không được chữa trị, vì một môi trường sống khắc nghiệt đã biến thành kẻ thù. Những người lính đau khổ, yếu ớt nằm la liệt khắp nơi, đôi mắt trũng sâu vô hồn nhìn lên trời, tiếng rên rỉ đau đớn "A...a... đau quá!" và tiếng than thở yếu ớt "Nóng... lạnh... nước...!" vang vọng khắp doanh trại tàn tạ. Chúng không còn sức để đứng dậy, để cầm vũ khí, thậm chí để tự mình đi vệ sinh, phải nằm đó, cơ thể run rẩy, bất động trong vũng chất thải của chính mình. Quân đội Nguyên Mông, từng là biểu tượng của sức mạnh và kỷ luật thép, giờ đây chỉ còn là một bệnh viện dã chiến khổng lồ, một trại tử thần đầy rẫy những kẻ hấp hối, chờ đợi cái chết. Mùi tử khí, mùi chất thải, mùi mủ, mùi máu tanh nồng nặc hòa quyện trong không khí ẩm ướt, khiến cảm giác buồn nôn dâng trào liên tục.
Các tướng lĩnh Nguyên Mông cũng không khỏi kinh hoàng. Những khuôn mặt từng đầy vẻ uy quyền giờ đây xanh xao, bơ phờ, đôi mắt trũng sâu, đầy vẻ bất lực và sợ hãi. Chúng nhìn những binh lính của mình gục ngã từng ngày, từng giờ, từng tiếng đồng hồ mà không thể làm gì. Mặc dù cố gắng ra lệnh cho quân y chăm sóc, nhưng thuốc men khan hiếm, và kiến thức y học của chúng không đủ để đối phó với những dịch bệnh và vết thương do khí hậu Đại Việt gây ra. Sự bất lực hiện rõ trên khuôn mặt của chúng, đôi tay nắm chặt đến run rẩy, móng tay cắm sâu vào lòng bàn tay.
Cảm xúc bao trùm lúc này là sự suy giảm sức chiến đấu đến mức báo động đỏ, một sự sụp đổ hoàn toàn từ bên trong. Một đội quân không chỉ cần số lượng, mà còn cần thể lực và tinh thần. Quân Nguyên Mông giờ đây đã mất cả hai. Sức khỏe của binh lính đã chạm đáy, ý chí chiến đấu đã hoàn toàn sụp đổ, tan biến như khói. Chúng chỉ còn nghĩ đến việc sống sót, tìm cách thoát khỏi địa ngục trần gian này, thoát khỏi nỗi đau và sự ghê tởm của chính cơ thể mình. Kỷ luật trong quân đội cũng tan rã nhanh chóng, những người lính khỏe mạnh hơn (dù cũng không còn khỏe mạnh) thì lo cho bản thân, thờ ơ, bỏ mặc những kẻ ốm yếu, tiếng rên rỉ của đồng đội bị bỏ mặc không còn gây ra bất kỳ sự thương cảm nào.
Trần Quốc Tuấn, từ xa, nhận được báo cáo chi tiết về tình trạng đau bệnh thảm khốc của quân Nguyên. Ánh mắt chàng vẫn bình tĩnh, nhưng một nụ cười nhẹ, khó nhận ra, lướt qua đôi môi. Chàng biết rằng chiến lược của mình đã phát huy hiệu quả tối đa. Không cần phải đổ quá nhiều máu, quân Đại Việt đã khiến kẻ thù tự suy yếu và tiêu diệt chính mình bằng những yếu tố tưởng chừng như vô hình: lửa, đói khát, và dịch bệnh, một đòn đánh toàn diện vào cả thể xác lẫn tinh thần của đạo quân xâm lược.